红旗镇巴格万村行政区划上隶属于新疆维吾尔自治区阿克苏地区库车县，红旗镇巴格万村的下属街道自然村居委会及其地理管辖范围内的企业事业单位也属于新疆维吾尔自治区阿克苏地区库车县。