红旗镇巴格万村行政区划上隶属于库车县，库车县隶属于阿克苏地区，阿克苏地区隶属于新疆维吾尔自治区，红旗镇巴格万村的下属街道自然村居委会及其地理管辖范围内的企业事业单位也属于新疆维吾尔自治区。