窑沟镇行政区划上隶属于准格尔旗，准格尔旗隶属于鄂尔多斯市，鄂尔多斯市隶属于内蒙古自治区，窑沟镇的下属街道自然村居委会及其地理管辖范围内的企业事业单位也属于内蒙古自治区。