南店镇行政区划上隶属于克什克腾旗，克什克腾旗隶属于赤峰市，赤峰市隶属于内蒙古自治区，南店镇的下属街道自然村居委会及其地理管辖范围内的企业事业单位也属于内蒙古自治区。