拜什墩农场十六连行政区划上隶属于伊宁县，伊宁县隶属于伊犁哈萨克自治州，拜什墩农场十六连的下属街道自然村居委会及其地理管辖范围内的企业事业单位也属于伊犁哈萨克自治州。