瓦恰乡库尕丹村行政区划上隶属于塔什库尔干塔吉克自治县，塔什库尔干塔吉克自治县隶属于喀什地区，喀什地区隶属于新疆维吾尔自治区，瓦恰乡库尕丹村的下属街道自然村居委会及其地理管辖范围内的企业事业单位也属于新疆维吾尔自治区。