新疆维吾尔自治区昌吉回族自治州木垒哈萨克自治县良种繁育场行政区划上隶属于木垒哈萨克自治县，木垒哈萨克自治县隶属于良种繁育场，新疆维吾尔自治区昌吉回族自治州木垒哈萨克自治县良种繁育场的下属街道自然村居委会及其地理管辖范围内的企业事业单位也属于良种繁育场。