南湖南路东三巷行政区划上隶属于新疆维吾尔自治区乌鲁木齐市水磨沟区，南湖南路东三巷的下属街道自然村居委会及其地理管辖范围内的企业事业单位也属于新疆维吾尔自治区乌鲁木齐市水磨沟区。