山东省菏泽市牡丹区吴店镇行政区划上隶属于牡丹区，牡丹区隶属于吴店镇，山东省菏泽市牡丹区吴店镇的下属街道自然村居委会及其地理管辖范围内的企业事业单位也属于吴店镇。