甘南镇边疆村行政区划上隶属于甘南县，甘南县隶属于齐齐哈尔市，齐齐哈尔市隶属于黑龙江省，甘南镇边疆村的下属街道自然村居委会及其地理管辖范围内的企业事业单位也属于黑龙江省。