甘肃省甘南藏族自治州卓尼县木耳镇行政区划上隶属于卓尼县，卓尼县隶属于木耳镇，木耳镇隶属于甘南藏族自治州，甘肃省甘南藏族自治州卓尼县木耳镇的下属街道自然村居委会及其地理管辖范围内的企业事业单位也属于甘南藏族自治州。